Арбитражный суд Москвы 31 мая 2012 года отклонил иск авиакомпании, которая требовала отмены соответствующего приказа Росавиации. Апелляция и кассация подтвердили законность этого решения.
Сертификат эксплуатанта — документ, разрешающий осуществление воздушных перевозок и авиационные работы. Росавиация аннулировала сертификат эксплуатанта компании 19 декабря 2011 года из-за нарушений в организации летной работы, техническом обслуживании воздушных судов, подготовке пилотов, вопросах режима труда и отдыха экипажей и прочих недостатков в деятельности авиакомпании, носящих системный характер. Юристы авиакомпании настаивали, что Росавиация не доказала факт нарушений, однако ведомство придерживается прямо противоположной позиции.
Суд указал, что в период с 13 декабря по 14 декабря 2011 года комиссия Росавиации провела проверку качества устранения компанией недостатков, которые были выявлены при расследовании авиационного происшествия 4 декабря 2010 года с самолетом Ту-154 в аэропорту «Домодедово». Были выявлены нарушения при учете медицинских противопоказаний командиру воздушного судна и второму пилоту, а также невыполнение рекомендаций, которые были даны компании ранее при проведении проверки.
Правительство РФ в апреле 2012 года передало в собственность республики Дагестан 100% акций авиакомпании. Правительство Дагестана до 2015 года на условиях государственно-частного партнерства должно привлечь инвестиций в размере не менее 150 миллионов рублей на реконструкцию и модернизацию имущества авиакомпании, а также в развитие инфраструктуры аэропорта Махачкалы.
Республиканский арбитраж в декабре 2012 года прекратил производство по заявлению ОАО «Дагестанская энергосбытовая компания» о признании банкротом авиакомпании.