«Сегодняшний российский “Аэрофлот” является достойным приемником великого советского “Аэрофлота” со всеми его победам», — сказал «Росбалту» главный редактор портала «Авиа.ру» Роман Гусаров. По оценке экспертов, компания смогла удержать лидирующие позиции в переходный период и сумела существенно продвинуться на международной арене. В 1989 году «Аэрофлот» первым из российских авиакомпаний вступил в Международную ассоциацию воздушного транспорта (IATA). По итогам аудита операционной безопасности IATA (IOSA - IATA Operational Safety Audit) первым из российских перевозчиков вошел в реестр операторов IOSA. В 2011 году подтвердил этот сертификат «Аэрофлот» подтвердил сертификат в четвертый раз. В 2009 году прошел аудит эксплуатационной безопасности наземного обслуживания ISAGO (IATA Safety Audit for Ground Operations). В 2010 году подтвердил соответствие системы менеджмента качества требованиям международных стандартов ISO 9001:2008.
В апреле 2006 года «Аэрофлот» стал членом SkyTeam — второго по величине авиационного альянса в мире (с 2011 года входит также в грузовую структуру альянса - SkyTeam Cargo). SkyTeam дает своим клиентам возможность совершать полеты в более чем 1000 пунктов в 187 странах. В рамках код-шеринговых соглашений «Аэрофлот» сотрудничает с 30 иностранными и российскими авиакомпаниями, что позволяет предлагать рейсы практически по всему миру.
В 2009 году «Аэрофлот» ввел в строй собственный терминал D в «Шереметьево». В этом же году в компании был назначен гендиректором Виталий Савельев, который провозгласил главным приоритетом инновационное развитие.
«Аэрофлот» располагает крупнейшим в Восточной Европе Центром управления полетами. В 2011 году компания открыла собственную Авиационную школу с запланированным объемом выпуска 160 пилотов (80 экипажей) в год. Предусмотрена подготовка кадров по 120 авиационным специальностям. Среди последних нововведений — высокотехнологичный Ситуационный центр, который в случае сбойной или кризисной ситуации позволяет эффективно руководить производственными процессами. К юбилею в компании запущен Центр управления хабом (HCC), осуществляющий координацию стыковок транзитных пассажиров и багажа и управление оборотом воздушных судов. С помощью HCC "Аэрофлот" намерен снизить минимальное время стыковки, что позволит предложить пассажирам десятки новых рейсов, в том числе, с участием дочерних компаний авиаперевозчика (в дополнение к «Донавиа», базирующейся в Ростове-на-Дону, в Группу в ноябре 2011 года вошли региональные перевозчики, бывшие активами ГК «Ростехнологии»).
«Аэрофлот» имеет на балансе 130 авиалайнеров, большей частью самолеты семейства А320, А330 и Sukhoi SuperJet-100. В 2007 году «Аэрофлот» подписал крупные контракты на приобретение 22 дальнемагистральных самолетов Boeing B787 Dreamliner с началом поставок с 2016 года и 22 лайнеров Airbus A350 - с 2018. В 2011 году с корпорацией Boeing заключены контракты на 16 самолетов B777-300ER, поставки которых начались с 2013 года. На этих лайнерах пассажирам предложен новый класс обслуживания - «Комфорт», предоставляющий часть услуг бизнес класса по более низкой цене: отдельный салон с улучшенными креслами, расширенное меню, два места багажа, приоритетная регистрация.
В течение 2012 года авиакомпания перевезла 17,656 млн пассажиров, увеличив этот показатель на 24,6% по сравнению с предыдущим годом, а совокупный пассажиропоток Группы компаний «Аэрофлот» достиг 27,5 млн. пассажиров. Пассажирооборот «Аэрофлота» составил 50,533 млрд пкм (прирост на 20,3%). Процент занятости пассажирских кресел — 77,9% (+0,4 п.п.).